W 1656 odniósł zwycięstwo pod Warką, zajął Pomorze, opanował Bydgoszcz, zdobył Warszawę. W bitwie pod Czarnym Ostrowiem (1657) pokonał wojska sojusznika Szwedów, J. Rakoczego. Uczestniczył w wyprawie państw koalicji antyszwedzkiej do Danii, gdzie dowodzona przez niego armia zdobyła wyspę Als i twierdzę Koldyngę. Po zawarciu pokoju w Oliwie (1660) dowodził oddziałami polskimi w walkach z Moskwą, zwyciężając pod Połonką (czerwiec 1660). W latach 1661-1663 kontynuował działania zbrojne przeciw Moskwie i walczył z powstańcami na Ukrainie.

Na sześć tygodni przed śmiercią Czarniecki otrzymał buławę hetmana wielkiego koronnego, co było najwyższą możliwą godnością wojskową. Zmarł 16 lutego 1665 roku od rany odniesionej podczas tłumienia buntu w ukraińskim Stawiszczu.

Trumna Stefana Czarnieckiego, po uroczystym pogrzebie z udziałem króla. została przewieziona do rodowej posiadłości i złożona w kościele w Czarncy w 1665 roku. Nietknięte prochy przeleżały w grobie do 1794 roku, kiedy kościół splądrowany został przez wojska rosyjskie, a zwłoki zbeszczeszczone. W 1907 roku odbył się drugi pogrzeb hetmana, podczas którego prochy złożono w piaskowym grobowcu.

Towarzystwo Pamięci Hetmana od wielu lat starało się o zmianę grobowca Czarnieckiego.

Nowy grobowiec jest obłożony płytami ze szwedzkiego granitu, wymienione zostały także litery na epitafium. W najbliższą niedzielę grobowiec zostanie poświęcony przez proboszcza duńskiej parafii, w której Stefan Czarniecki w czasie potopu szwedzkiego stacjonował ze swoimi wojskami.