Najbardziej rzucająca się w oczy jest zmiana miejsca prezentacji repliki wiślickiej "Płyty orantów", która teraz ułożona jest na posadzce w sali poświeconej słynnym i znanym postaciom w dziejach Pińczowa. Atrakcyjnie prezentuje się także stała wystawa poświęcona postaci piewcy Ponidzia - Adolfowi Dygasińskiemu.

Pod względem liczy osób, które odwiedziły muzeum, ubiegły rok był rekordowy. Opublikowano właśnie dokładne dane na temat frekwencji z których wynika, że w 2006 roku Muzeum Regionalne oraz zabytkową synagogę przy ulicy Klasztornej - nad którą muzeum sprawuje pieczę - odwiedziło łącznie 7367 osób. W tej grupie było aż 2502 turystów indywidualnych. Grupy dorosłych zwiedzających liczyły 1050 osób, a młodzieży szkolnej - 3732.

Muzeum zorganizowało dziewięć wystaw okolicznościowych, dziesięć koncertów, trzy odczyty i pięć prelekcji. Pamiętać należy, że wśród koncertów były imprezy takiej rangi, jak Międzynarodowy Festiwal im. Krystyny Jamroz, czy Zamkowe Spotkania z Muzyką. Regularnie sale muzeum udostępniane są młodym wirtuozom - uczniom Publicznej Szkoły Muzycznej I Stopnia w Pińczowie.